|
| |
|
|
Comparison of metabolic pathways in insect symbiotic bacteria
SCHÜRZ, Robin
Genomes of lice endosymbionts, Legionella from two different host species (Polyplax serrata and Polyplax spinulosa), were compared in their metabolic pathways. Preserved genes were annotated, mapped out for comparison and checked for their functionality. The annotated genes also were assessed for their Ka/Ks values and the COG categories they were included in.
|
|
| |
|
|
Methanogenní symbionti u zástupců čeledi Psalteriomonadidae (Heterolobosea: Tetramitia)
Foučková, Martina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Steinová, Jana (oponent)
Psalteriomonadidae je malá čeleď anaerobních amoéboflagelátů z kmene Heterolobosea, do které se řadí 16 popsaných a 17 dosud nepopsaných druhů. V návaznosti na anaerobní způsob života došlo u zástupců této čeledi k transformaci mitochondrií na vodík produkující hydrogenosomy. U tří druhů čeledi Psalteriomonadidae - Psalteriomonas lanterna, P. vulgaris a P. magna - byly v minulosti pozorovány symbiózy s prokaryotickými organismy. U druhu P. lanterna a P. vulgaris byli symbionti na základě morfologie a biochemických vlastností určeni jako Methanobacterium formicicum. V rámci této práce bylo získáno a osekvenováno 37 nových izolátů představujících sladkovodní zástupce této čeledi, dva z nových izolátů pravděpodobně představují dosud neobjevené druhy. Prokaryotičtí symbionti byli na základě autofluorescence identifikováni jako zástupci methanogenních archaea. Sekvenací genu pro 16S rRNA byli symbionti u všech hostitelů určeni jako druh rodu Methanoregula. Symbionti byli rozděleni do deseti skupin představujících jednotlivé genotypy. Při porovnání fylogenetických stromů vytvořených z izolátů hostitelů a jejich symbiontů je u některých genotypů patrná hostitelská specifita. U tří studovaných izolátů druhu Sawyeria marylandensis a tří izolátů zástupců rodu Harpagon žádní methanogenní symbionti nebyli...
|
|
|
Využití Biologické olympiády ve školách a zařazení vybraných úloh do výuky na gymnáziích.
Dvořáková, Darina ; Janštová, Vanda (vedoucí práce) ; Drda Morávková, Alena (oponent)
Diplomová práce se zabývá Biologickou olympiádou a přepracováním vybraných úloh krajského kola na úlohy, které mohou najít uplatnění při výuce na vyšším stupni gymnázií. Zahrnuje teoretickou a praktickou část. Teoretická část poskytuje obecné informace o Biologické olympiádě (BiO), mapuje úspěchy českých studentů na Mezinárodní biologické olympiádě, podává literární přehled k jednotlivým tématům vybraných úloh. V praktické části jsou přepracovány čtyři úlohy rozdílných témat: Eukaryotická buňka jako mozaika, Voda v životě živočichů, Areály a rozšíření živočichů, Historie květeny ČR. Jednotlivé úlohy jsou zpracovány formou pracovních listů, byly ověřeny na školách během vyučování a zhodnoceny položkovou analýzou jednotlivých otázek. Znalosti studentů v oblasti vybraných témat byly testovány pomocí vytvořených pretestů a posttestů. Dále diplomová práce zahrnuje výsledky dotazníkového šetření týkající se zapojení škol do BiO a názory učitelů na danou problematiku.
|
|
|
In silico characterization of the plastid proteomes of \kur{Chromera Velia\kur{}} and \kur{Vitrella brassicaformis\kur{}}
FAITOVÁ, Tereza
This thesis is focused on identification of the plastid proteome in alveolate algae C. velia and V. brassicaformis. Plastids play an important role in wide scale of biochemical processes. Therefore, targeting of involved enzymes with plastid targeting pre-sequences provide us with better view what function plastid has in the metabolism of chromerids and possibly of their close relatives. The first part of the thesis summarizes the current knowledge about alveolates, chromerids, endosymbiosis, and the principles of protein targeting. The second part describes the in silico analyses done in order to predict the plastid proteomes of both chromerid algae, to compare their plastid metabolism, and to determine the phylogenetic origin of nuclear-encoded plastid proteins.
|
|
|
Evolution of the Heme Biosynthetic Pathway in Eukaryotic Phototrophs
CIHLÁŘ, Jaromír
This thesis is devoted to the evolution of the heme biosynthetic pathway in eukaryotic phototrophs with particular emphasis on algae possessing secondary and tertiary red and green derived plastids. Based on molecular biology and bioinformatics approaches it explores the diversity and similarities in heme biosynthesis among different algae. The core study of this thesis describes the heme biosynthesis in Bigelowiella natans and Guillardia theta, algae containing a remnant endosymbiont nucleus within their plastids, in dinoflagellates containing tertiary endosymbionts derived from diatoms called dinotoms, and in Lepidodinium chlorophorum, a dinoflagellate containing a secondary green plastid. The thesis further focusses on new insights in the heme biosynthetic pathway and general origin of the genes in chromerids the group of free-living algae closely related to apicomplexan parasites.
|
|
|
Ztráty mitochondrií a plastidů v evoluci eukaryot
Trokšiar, David ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Hadariová, Lucia (oponent)
- 4 - Abstrakt: Mitochondrie i plastidy byly získány endosymbiotickou událostí, při které došlo k pohlcení prokaryotického organismu předky dnešních eukaryot. V evoluci plastidů je známo více endosymbiotických událostí. Při primární endosymbióze došlo k pohlcení sinice heterotrofním eukaryotickým organismem. Při následujících sekundárních, terciérních a kvartérních endosymbiótických událostech, došlo k pohlcení eukaryotické buňky jiným eukaryotem. Mitochondrie vznikla pohlcením α-proteobakterie. V evoluci eukaryot došlo u mnohých druhů k redukcím mitochondrie, které umožnili život v anaerobním prostředí. Nejméně redukovanou formou jsou anaerobní mitochondrie, které si společně s aerobní mitochondrií a vodík produkující mitochondrií zachovaly genom. Hydrogenosomy a nejvíce redukované mitosomy si genom nezachovaly. Opakované redukce plastidů v mnohých liniích vedly ke ztrátě schopnosti fotosyntetizovat. V posledních letech přibývá dokladů o organismech, které semiautonomní organelu zcela ztratily. Ke ztrátě plastidu došlo minimálně u dvou parazitických zástupců alveolát, Cryptosporidium parvum a Hematodinium sp., a ke ztrátě mitochondrie u endobioticky žijící oxymonády Monocercomonoides sp.. Semiautonomní organely se staly u těchto druhů postradatelné, jelikož tyto organizmy dokázaly jejich metabolismus...
|
|
|
Struktura a funkce mitochondriálního sekretinu.
Klápšťová, Veronika ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Pyrih, Jan (oponent)
Sekreční systém typu II (T2SS) je jedním ze sekrečních systémů, pomocí nichž gramnegativní bakterie transportují některé ze svých proteinů přes vnější membránu. Vlastní přechod přes membránu je zprostředkován pórem tvořeným několika kopiemi proteinu zvaného GspD neboli sekretin. Ten byl objeven spolu se třemi dalšími podjednotkami T2SS v genomu některých prvoků, například u Naegleria gruberi, Andalucia godoyi, Reclinomonas americana, Neovahlkampfia damariscottae či u dvou zástupců rodu Malawimonas. Bylo zjištěno, že tyto proteiny lokalizují do mitochondrie. Pokud by byla zachována původní funkce i orientace T2SS, jednalo by se o naprosto unikátní systém, neboť export proteinů z mitochondrií doposud nebyl popsán. Sekretin je zcela esenciální podjednotkou T2SS, která neplní pouze roli pasivního membránového kanálu, ale účastní se aktivně i rozpoznávání substrátu. Studium eukaryotického sekretinu by tedy mohlo přinést cenné poznatky o funkci mitochondriálního T2SS. Experimentální část této diplomové práce se proto zaměřuje na charakterizaci eukaryotického GspD, zabývá se skládáním sekretinového kanálu v bakteriích a umělých membránách, popisem jeho interakcí s dalšími podjednotkami a mechanismem importu sekretinového monomeru do mitochondrií.
|
|
|
Využití Biologické olympiády ve školách a zařazení vybraných úloh do výuky na gymnáziích.
Dvořáková, Darina ; Janštová, Vanda (vedoucí práce) ; Drda Morávková, Alena (oponent)
Diplomová práce se zabývá Biologickou olympiádou a přepracováním vybraných úloh krajského kola na úlohy, které mohou najít uplatnění při výuce na vyšším stupni gymnázií. Zahrnuje teoretickou a praktickou část. Teoretická část poskytuje obecné informace o Biologické olympiádě (BiO), mapuje úspěchy českých studentů na Mezinárodní biologické olympiádě, podává literární přehled k jednotlivým tématům vybraných úloh. V praktické části jsou přepracovány čtyři úlohy rozdílných témat: Eukaryotická buňka jako mozaika, Voda v životě živočichů, Areály a rozšíření živočichů, Historie květeny ČR. Jednotlivé úlohy jsou zpracovány formou pracovních listů, byly ověřeny na školách během vyučování a zhodnoceny položkovou analýzou jednotlivých otázek. Znalosti studentů v oblasti vybraných témat byly testovány pomocí vytvořených pretestů a posttestů. Dále diplomová práce zahrnuje výsledky dotazníkového šetření týkající se zapojení škol do BiO a názory učitelů na danou problematiku.
|
host ::
RSS.